A 16. század első felében a reformáció szele elérte Erdélyt is. A középkori egyházszervezetet egyre több hitújító mozgalom ostromolta. Kezdetben a szász közösség bizonyult leginkább fogékonynak az új eszmék iránt, később csatlakozott hozzá a vármegyék, illetve a székely székek többnyire magyar ajkú népessége.
A 16. századi erdélyi reformáció útja sajátos út, amelyben nem különíthető el szigorúan egyik vagy másik nagy európai reformátor eszmerendszere, hanem párhuzamosan és együttesen hat Luther, Melanchthon, Zwingli, Kálvin, Bullinger és mások teológiája, mindezt pedig kiváló helyi teológusok – Johannes Honterus, Dévai Bíró Mátyás, Kopácsi István, Melius Juhász Péter, Dávid Ferenc – igazították az erdélyi társadalmi valósághoz. Éppen ezért az 1560-as éveket megelőzően nem is beszélhetünk egyik vagy másik protestáns felekezet szigorúan konfesszionális jelenlétéről, csupán reformátori vagy reformált egyházakról abban az értelemben, hogy a felekezeti határok nem voltak élesen elválaszthatóak, karakterük ekkor kezd kialakulni. Bizonyos azonban, hogy már az 1580-as években, Báthory István fejedelemsége alatt az erdélyi szászok a lutheranizmus mellett maradnak, a magyarok többsége ekkor az unitárius (Szentháromság-tagadó) hitet vallotta, kisebb hányaduk a helvét (kálvinista) felekezet mellett tette le voksát. Ez az arány a 17. század folyamán jelentősen változott, a református fejedelmeknek köszönhetően a helvét hitvallás uralkodóvá vált, gyakorlatilag államegyházi státust élvezett a fejedelemségben.
A szász székekben volt néhány jelentős magyar ajkú település is. A középkorban ezek a falvak földrajzi elhelyezkedésük következtében a szász többségű főesperességekhez tartoztak, így a reformáció után is a szász vezetés alatt álló lutheránus esperességek részei lettek. Ezek közül a jelentősebb gyülekezetek: Brassó, Csernátfalu, Türkös, Bácsfalu, Hosszúfalu, Tatrang, Pürkerec, Zajzon, Barcaújfalu, Krizba és Apáca a Barcaságon; Halmágy, Székelyzsombor, Kóbor, Ugra és Tyúkos Kőhalomszéken; Oltszakadát Szebenszékben, illetve Zselyk Beszterceszéken. Ezek a gyülekezetek képezik mai egyházkerületünk alapját. A hitvallási egység eredményeképpen ezek a közösségek a szász evangélikus püspök joghatósága alá tartoztak egészen a 19. századig, lelkészeiket a szászok zsinatán szentelték, fegyelmi székük, házassági törvényszékük közös volt a német ajkú lutheránusokéval. Csupán a Barcaság délkeleti részén fekvő úgynevezett hétfalusi magyar gyülekezetek között érhető tetten némi szervezeti egység.
A 17-18. században ezek a lutheránus karakterű gyülekezetek szoros kapcsolatokat ápolnak a partiumi és felső-magyarországi, szintén magyar ajkú lutheránusokkal és reformátusokkal. A 19. század folyamán elsősorban a nemzeti mozgalmak eredményeképpen egyre több ellentét alakul ki a magyar, illetve szász lutheránus gyülekezetek között. Ezt csak erősíti az, hogy 1848-ban a két etnikum külön táborban harcol; ennek az eredménye lesz, hogy hosszas küzdelem után 1886-ban a barcasági magyar gyülekezetekből megalakul a Brassói Magyar Evangélikus Egyházmegye, amely már nem az Erdélyi Szász, hanem a Tiszai Egyházkerülethez tartozott.
Az 1920-as trianoni békeszerződés új helyzet elé állította a Romániába szakadt magyar evangélikusokat. Az erdélyi egyházak közül talán mi voltunk a legnehezebb helyzetben, hiszen a Romániához csatolt országrészben nem voltak szervezett központi egyházi intézményeink, sem püspökségünk, sem teológiai intézetünk, sőt középfokú iskolai intézményekben sem bővelkedtünk. 1920-ban a Kolozsváron tartott zsinat kimondta az Erdély-Bánáti Evangélikus Egyházkerület megalakulását, de ezt az államhatalom nem hagyta jóvá. Végül több kényszerű próbálkozás után, 1926-ban sikerült elismertetni az új egyházi struktúrát. A megszülető egyházkerület meglehetősen heterogén, ott voltak benne a több évszázados hagyománnyal rendelkező királyföldi falusi eklézsiák, valamint más erdélyi, városi gyülekezetek (Nagybánya, Kolozsvár, Marosvásárhely) mellett a partiumi nagyvárosoknak (Temesvár, Arad, Nagyvárad, Nagykároly, Szatmárnémeti) a 19. század folyamán alakult közösségei, valamint több szlovák anyanyelvű gyülekezet. Ez utóbbiak külön egyházmegyét alkottak és alkotnak ma is.
Lelkészképzésünk 1920-tól 1948-ig a kolozsvári református teológián zajlott, ahol az evangélikus szaktárgyakat a két helyi lelkész, dr. Járosi Andor és dr. Kirchknopf Gusztáv tanította. 1948 óta az akkor megalakult Protestáns Teológiai Intézetben református és unitárius hallgatókkal együtt tanulnak egyházunk jövendőbeli lelkipásztorai.
Jelenleg hozzávetőlegesen 30 ezer hívő tartozik egyházunkhoz, 39 gyülekezet és 118 szórványközösség keretében. Erdélyi eredetünk következtében nagyfokú nyitottság jellemzi egyházunkat más egyházak, kultúrák és etnikai népcsoportok felé. Ez abban is megmutatkozik, hogy istentiszteleteinken és gyülekezeti alkalmainkon négy nyelven hirdetjük Istennek igéjét: magyarul, németül, szlovákul és románul.
Szolgálataink sokszínűek, az istentiszteletek mellett rendszeres alkalmakat tartunk a gyerekeknek és az ifjúságnak (hittanórát, baba-mama klubot, vasárnapi iskolát, konfirmációi oktatást, ifjúsági bibliaórát és istentiszteletet), valamint felnőtteknek szóló különböző alkalmakat (felnőtt-, családi, illetve presbiteri bibliaórát, nőszövetségi alkalmat stb.).
Az ifjúsági munkát az országosan működő EVIKE (Evangélikus Ifjúsági Keresztyén Egyesület) fogja össze, amely az ifjúsági táborokat, a vetélkedőket és az ifjúsági vezetőképzőket szervezi évente több alkalommal. Az egyetemi városokban – Kolozsvár, Brassó – működő CAL (Collegium Academicum Lutheranicum) egyetemi ifjúsági szervezet, szakkollégium, a felsőoktatásban tanuló diákokat és fiatal felnőtteket igyekszik összefogni, a szervezeten belül folyó ifjúsági munka így kifejezetten ezt a korosztályt szólítja meg.
Szeretetszolgálatunkat tekintve jelenleg az elsődleges feladat diakóniai intézményeink újraszervezése; a szeretetszolgálatok összehangolt megszervezése egyházunk számára nagy kihívás a jövőben.
Mindennemű szolgálatainkat missziói koncepciónk határozza meg, mely szerint igyekszünk a Krisztus iránt való hűség, engedelmesség, hivatás szellemében megfelelni a kor igényeinek és társadalmi elvárásainak, hogy az értékőrzés és megújulás által állandó evangélizációt folytassunk, mélyítsük a hitet, erősítsük a lelkiséget. Tudatosan veszünk részt a keresztyén kultúra művelésében, és vállalunk szerepet a közéletben (Járosi Andor Keresztyén Kulturális Műhely, Reményik Sándor Galéria, Bartalis János Keresztyén Kulturális Egyesület). Szorgalmazzuk a teológia, mint tudomány minőségi, korszerű, integrált művelését. Célunk az evangélikus hitnek, öntudatnak a megerősítése a semper reformanda elv alapján. Kozma Zsolt teológiai professzor ezt mintaszerűen így fogalmazta meg: „Meg kell találni a hagyományőrzés és a semper reformanda közötti utat, meg kell fogalmazni az örök igazságot, és mai üzenetként le kell hozni a valóság talajára, s ebben nincs más kritérium, mint a Szentírás. Ha a teológia megalkuszik az örök igazsággal, Isten-idegenné válik, ha nem a ma emberéhez szól, akkor egyház- és világidegen lesz.”